慶應義塾研究者情報データベース

経歴 【 表示 ／ 非表示 】

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• 2007年04月

  -

  2011年03月

  横浜市立大学大学院, 生命ナノシステム科学研究科, 博士研究員

• 2011年04月

  -

  2015年03月

  慶應義塾大学, 理工学部　物理学科, 助教

• 2015年04月

  -

  継続中

  慶應義塾大学, 理工学部　物理学科, 専任講師

学歴 【 表示 ／ 非表示 】

学歴 【 表示 ／ 非表示 】

• 1998年04月

  -

  2002年03月

  東京大学, 工学部, マテリアル工学科

  大学, 卒業, その他

• 2002年04月

  -

  2004年03月

  東京大学, 理学系研究科, 物理学専攻

  大学院, 修了, 修士

• 2004年04月

  -

  2007年03月

  東京大学, 理学系研究科, 物理学科

  大学院, 修了, 博士

学位 【 表示 ／ 非表示 】

学位 【 表示 ／ 非表示 】

• 博士（理学）, 東京大学, 課程, 2007年03月

研究分野 【 表示 ／ 非表示 】

研究分野 【 表示 ／ 非表示 】

• 自然科学一般 / 生物物理、化学物理、ソフトマターの物理

研究キーワード 【 表示 ／ 非表示 】

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• 蛋白質ダイナミクス

• 蛋白質水和構造

• 分子動力学シミュレーション

• Ｘ線溶液散乱

研究テーマ 【 表示 ／ 非表示 】

研究テーマ 【 表示 ／ 非表示 】

• 分子シミュレーションと実験の融合的解析技術の開発, 

  2007年04月

  -

  継続中

• 蛋白質ダイナミクスの可視化, 

  2007年04月

  -

  継続中

• 蛋白質水和構造の物性研究, 

  2002年04月

  -

  継続中

• 蛋白質フォールディングの原理, 

  2002年04月

  -

  継続中

著書 【 表示 ／ 非表示 】

著書 【 表示 ／ 非表示 】

• Water and Biomolecules

  Kunihiro Kuwajima, Tomotaka Oroguchi, Takashi Nakamura, Mitsunori Ikeguchi, Tomotaka Oroguchi, Springer-Verlag Berlin Heidelberg, 2009年01月

  担当範囲: Experimental and simulation studies of the folding/unfolding of goat alpha-lactalbumin

論文 【 表示 ／ 非表示 】

論文 【 表示 ／ 非表示 】

• Internal dynamics of multidomain protein as revealed by an optimized neutron spin echo measurement and all-atom molecular dynamics simulation

  Rintaro Inoue*, Tomotaka Oroguchi*, Takashi Oda*, Bela Farago, Anne Martel, Lionel Porcar, Mamoru Sato, Masaaki Sugiyama (*equally contributed)

  Physical Review Research 5 （ 4 ） 043154 2023年12月

  研究論文（学術雑誌）, 共著, 筆頭著者, 査読有り

• Common architectures in cyanobacteria Prochlorococcus cells visualized by X-ray diffraction imaging using X-ray free electron laser

  Amane Kobayashi, Yuki Takayama, Takeshi Hirakawa, Koji Okajima, Mao Oide, Tomotaka Oroguchi, Yayoi Inui, Masaki Yamamoto, Sachihiro Matsunaga, Masayoshi Nakasako

  Scientific Reports 11 （ 1 ） 3877 2021年12月

  研究論文（学術雑誌）, 共著, 査読有り

  • Access to Document (DOI)

• Domain organization in plant blue-light receptor phototropin2 of arabidopsis thaliana studied by small-angle x-ray scattering

  Masayoshi Nakasako, Mao Oide, Yuki Takayama, Tomotaka Oroguchi, Koji Okajima

  International journal of molecular sciences 21 （ 18 ） 6638 2020年09月

  共著, 査読有り

  • Access to Document (DOI)

• Assessment of force field accuracy using cryogenic electron microscopy data of hyper-thermostable glutamate dehydrogenase

  Tomotaka Oroguchi, Mao Oide, Taiki Wakabayashi, Masayoshi Nakasako

  Journal of Physical Chemistry B 124 （ 39 ） 8479 - 8494 2020年10月

  研究論文（学術雑誌）, 共著, 筆頭著者, 責任著者, 査読有り

  • Access to Document (DOI)

• Energy landscape of domain motion in glutamate dehydrogenase deduced from cryo-electron microscopy

  Mao Oide, Takayuki Kato, Tomotaka Oroguchi, Masayoshi Nakasako

  FEBS Journal 287 （ 16 ） 3472 - 3493 2020年08月

  研究論文（学術雑誌）, 共著, 査読有り

  • Access to Document (DOI)

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KOARA（リポジトリ）収録論文等 【 表示 ／ 非表示 】

KOARA（リポジトリ）収録論文等 【 表示 ／ 非表示 】

• 生体分子の機能発揮機構における水和構造の役割の解明

  苙口, 友隆

  科学研究費補助金研究成果報告書 2021年

• 分子クラウディング環境下における生体分子の機能的構造揺らぎの解析

  苙口, 友隆

  科学研究費補助金研究成果報告書 2019年

• 水素結合の方向性が蛋白質2次構造形成に与える影響

  苙口, 友隆

  学事振興資金研究成果実績報告書 （慶應義塾大学）  2018年

• 生体分子構造およびに生体分子間相互作用の安定化における水分子の役割の解明

  苙口, 友隆

  科学研究費補助金研究成果報告書 2015年

総説・解説等 【 表示 ／ 非表示 】

総説・解説等 【 表示 ／ 非表示 】

• 水素結合方向性における非共有結合対の影響: 分子動力学シミュレーションによる評価

  苙口 友隆

  アンサンブル 23   176 - 181 2021年

  記事・総説・解説・論説等（学術雑誌）, 単著, 筆頭著者, 最終著者, 責任著者

• Methods and application of coherent X-ray diffraction imaging of noncrystalline particles

  Masayoshi Nakasako, Amane Kobayashi, Yuki Takayama, Kenta Asakura, Mao Oide, Koji Okajima, Tomotaka Oroguchi, Masaki Yamamoto

  （Biophysical Reviews）  12   541 - 567 2020年

  記事・総説・解説・論説等（学術雑誌）, 共著

• 水和構造によって制御される蛋白質の機能的ドメイン運動

  苙口 友隆、中迫雅由

  生物物理 58   204 - 206 2018年

  記事・総説・解説・論説等（学術雑誌）, 共著, 筆頭著者

• 生物細胞の低温X線回折イメージング

  中迫雅由、高山裕貴、小林周、山本高寛、大出真央、岡島公司、苙口 友隆、山本雅貴

  放射光 31   189 - 201 2018年

  記事・総説・解説・論説等（学術雑誌）, 共著

• Ｘ線自由電子レーザーを用いた非結晶粒子のコヒーレントＸ線回折イメージング

  中迫雅由、苙口 友隆、関口優希、小林周、橋本早紀、山本雅貴、引間孝明、米倉功治、高山裕貴、眞木さおり、高橋幸生、鈴木明大、松永幸大、乾弥生、胡桃坂仁志、市川雄一、星貴彦

  日本結晶学会誌 55   24 - 31 2014年

  記事・総説・解説・論説等（学術雑誌）, 共著

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研究発表 【 表示 ／ 非表示 】

研究発表 【 表示 ／ 非表示 】

• Optimization of MD-derived conformational ensemble in information content space and its application to experimental X-ray solution scattering data

  Tomotaka Oroguchi

  TSRC Proten Dynamiccs Workshop 2023, 

  2023年07月

  , 

  口頭発表（招待・特別）

• Protein conformational fluctuations and hydration structures investigated by the combination of MD simulations and X-ray experiments

  Tomotaka Oroguchi

  TSRC Protein Dynamics Workshop 2017, 

  2017年08月

  , 

  口頭発表（招待・特別）

• Protein functional dynamics investigated by small-angle X-ray solution scattering and molecular dynamics simulation

  Tomotaka Oroguchi

  Okazaki Conference 2017, 

  2017年03月

  , 

  口頭発表（招待・特別）

• Nanoscale wetting and drying processes dominate protein functional motions

  Tomotaka Oroguchi

  TSRC Protein Dynamics Workshop 2015, 

  2015年08月

  , 

  口頭発表（招待・特別）

• Protein dynamics investigated by small-angle x-ray solution scattering and molecular dynamics simulation

  Tomotaka Oroguchi

  The 4^th Japan-France Joint Seminar （播磨、兵庫県） , 

  2013年01月

  , 

  口頭発表（招待・特別）

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競争的研究費の研究課題 【 表示 ／ 非表示 】

競争的研究費の研究課題 【 表示 ／ 非表示 】

• 水素結合の方向性を厳密に取り扱った高信頼度な蛋白質分子力場の開発

  2021年04月

  -

  2024年03月

  文部科学省・日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 基盤研究(C), 補助金,  研究代表者

• 新世代中性子構造生物学の開拓

  2018年06月

  -

  2023年03月

  文部科学省・日本学術振興会, 科学研究費補助金, 基盤研究(S), 補助金,  研究分担者

• 生体分子の機能発揮機構における水和構造の役割の解明

  2017年04月

  -

  2021年03月

  文部科学省・日本学術振興会, 科学研究費補助金, 若手研究(A), 補助金,  研究代表者

• 分子クラウディング環境下における生体分子の機能的構造揺らぎの解析

  2017年06月

  -

  2020年03月

  文部科学省・日本学術振興会, 科学研究費補助金, 挑戦的研究(萌芽), 補助金,  研究代表者

• 分子シミュレーションと溶液X線散乱実験を用いた生体分子の構造揺らぎの解析

  2016年04月

  -

  2017年03月

  慶應義塾大学, 慶應義塾学事振興資金, 補助金,  研究代表者

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担当授業科目 【 表示 ／ 非表示 】

担当授業科目 【 表示 ／ 非表示 】

• 物理学実験第２

  2024年度

• 物理学実験第１

  2024年度

• 物理学Ａ

  2024年度

• 論文講読発表

  2024年度

• 自然科学実験

  2024年度

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社会活動 【 表示 ／ 非表示 】

社会活動 【 表示 ／ 非表示 】

• 日本放射光学会学会誌 編集委員

  2015年10月

  -

  2017年09月

• 日本放射光学会第６回若手研究会 組織委員

  2014年08月

• International Symposium on Protein Folding and its Biological Significance 組織委員

  2013年03月

• 生物物理若手の会第44回夏の学校 組織委員

  2004年08月

• 生物物理若手の会 運営委員

  2003年09月

  -

  2004年08月