研究発表 - 舟橋 啓
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腫瘍内不均一性を考慮した予後の予測に向けた深層学習ベースの組織画像解析
舟橋 啓
[国内会議] 群馬大学数理データ科学教育研究センター主催第1回レギュラトリー サイエンスセミナー （群馬県） ,
2019年09月,口頭発表（招待・特別）
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機械学習による画像分類
舟橋 啓, 徳岡 雄大
[国内会議] AIによる生物画像解析トレーニングコース （熊本県） ,
2019年08月,口頭発表（招待・特別）
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Inference of transcriptional regulatory network driven by desiccation and rehydration in Polypedilum vanderplanki
比企 佑介, 山田 貴大, Kozlova, O., Cornette, R., Gusev, O., 黄川田 隆洋, 舟橋 啓
[国際会議] Moscow Conference on Computational Molecular Biology 2019 （Moscow, Russia） ,
2019年07月,口頭発表（招待・特別）
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Mathematical Modeling with CellDesigner.
FUNAHASHI Akira
[国内会議] Computational and Mathematical Biology Course, Okinawa Institute of Science and Technology （沖縄県） ,
2019年07月,口頭発表（招待・特別）
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CellDesigner: A modeling tool for biochemical networks
舟橋 啓
[国際会議] COMBINE 2019 （Heidelberg, Germany） ,
2019年07月,口頭発表（招待・特別）
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畳み込みニューラルネットワークを用いた神経分化判別および特徴量解析
舟橋 啓
[国内会議] 山口大学 AIシステム医学医療研究教育センター セミナー （山口県） ,
2019年05月,口頭発表（招待・特別）
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不妊治療に資する深層学習を用いた初期胚定量評価手法の開発
舟橋 啓
[国内会議] Cardiovascular Meeting （東京都） ,
2019年05月,口頭発表（招待・特別）
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不妊治療に資する深層学習を用いた初期胚定量評価手法の開発
徳岡 雄大, 山田 貴大, 広井 賀子, 小林 徹也, 山縣 一夫, 舟橋 啓
[国内会議] 第18回日本再生医療学会総会 （兵庫県） ,
2019年03月,口頭発表（招待・特別）
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Convolutional Neural Network-Based Instance Segmentation Algorithm to Acquire Quantitative Criteria of Early Mouse Development
舟橋 啓
[国際会議] Seminar at University of Nottingham （Nottingham, UK） ,
2019年03月,口頭発表（招待・特別）
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深層学習が駆動するPv11生存細胞スクリーニング
徳岡 雄大, 山田 貴大, Richard Cornette, 広井 賀子, 黄川田 隆洋, 舟橋 啓
[国内会議] エンジニアリングネットワーク・ワークショップ - 生物のもつ耐性機能と工学の融合 - （東京都） ,
2019年02月,口頭発表（招待・特別）
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深層学習が明らかにする細胞顕微鏡画像解析の新展開
舟橋 啓
[国内会議] 山口大学 AIシステム医学医療研究教育センター セミナー （山口県） ,
2018年12月,口頭発表（招待・特別）
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Quantitative analysis of sensitivity to Wnt3a gradient in determination of the pole-to-pole axis of mitotic cells by using a microfluidic device.
平岩 巧, 山田 貴大, 三木 則尚, 舟橋 啓, and 広井 賀子
[国際会議] Keio University International Symposium on Advanced Technologies for Mechano-biology and Regenerative Medicine （Yokohama, Japan） ,
2018年09月,口頭発表（招待・特別）
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ディープラーニングを用いたマウス発生過程における定量的指標の獲得
舟橋 啓
[国内会議] 第36回 日本受精着床学会総会・学術講演会 （千葉県） ,
2018年07月,口頭発表（招待・特別）
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深層学習が明らかにする細胞顕微鏡画像解析の新展開
舟橋 啓
[国内会議] 関西医科大学大学院セミナー （大阪府） ,
2018年07月,口頭発表（招待・特別）
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Mathematical Modeling with CellDesigner.
FUNAHASHI Akira
[国内会議] Computational and Mathematical Biology Course, Okinawa Institute of Science and Technology （沖縄県） ,
2018年06月,口頭発表（招待・特別）
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深層学習が明らかにする細胞顕微鏡画像解析の新展開
舟橋 啓
[国内会議] 自然科学研究機構 新分野創成センター合同シンポジウム 「分野横断・分野融合研究による生命創成を探究する新しい科学の創成」 （愛知県） ,
2018年03月,口頭発表（招待・特別）
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CellDesigner
舟橋 啓
[国際会議] SYSBIO 2018 Advanced Lecture Course on Systems Biology （Innsbruck, Austria） ,
2018年03月,口頭発表（招待・特別）
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Segmenting Four-dimensional Fluorescence Microscopic Image using Convolutional Neural Network
舟橋 啓
[国際会議] OIST Integrated Open Systems Unit Seminar （Okinawa, Japan） ,
2017年12月,口頭発表（招待・特別）
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Segmenting four-dimensional fluorescence microscopic image using Convolutional Neural Network.
舟橋 啓
[国際会議] Life of Genomes 2017 （Kazan, Russia） ,
2017年09月,口頭発表（招待・特別）
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The foundation of Biothermology from the point of view of nano/microscale thermophysical properties of biopolymers.
広井 賀子, 中村 隆之, 齋藤 昂哉, and 舟橋 啓
[国際会議] EMN Europe Meetings, on Quantum （Vienna, Austria） ,
2017年06月,口頭発表（招待・特別）
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Mathematical Modeling with CellDesigner.
FUNAHASHI Akira
[国内会議] Computational and Mathematical Biology Course, Okinawa Institute of Science and Technology （沖縄県） ,
2016年08月,口頭発表（招待・特別）
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CellDesigner: A process diagram editor for gene-regulatory and biochemical networks
FUNAHASHI Akira
[国際会議] Advanced Lecture Course on Systems Biology （Innsbruck, Austria） ,
2016年02月,口頭発表（招待・特別）
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Mathematical Modeling with CellDesigner.
FUNAHASHI Akira
[国内会議] Computational and Mathematical Biology Course, Okinawa Institute of Science and Technology （沖縄県） ,
2015年08月,口頭発表（招待・特別）
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CellDesignerによる生化学ネットワークのシミュレーション
舟橋 啓
[国内会議] 第88回日本薬理学会年会・薬理学研究を加速させる数理モデル構築・シミュレーションソフトウェア、名古屋国際会議場 （愛知県） ,
2015年03月,口頭発表（招待・特別）
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Cells in Computers
FUNAHASHI Akira
[国際会議] Japanese-American Frontiers of Science Symposium (JAFoS) （Tokyo, Japan） ,
2014年12月,口頭発表（招待・特別）
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Computational Platform for Systems Biology
FUNAHASHI Akira
[国際会議] Multiscale Spatial Computational Systems Biology, Dagstuhl Seminar （Wadern, Germany） ,
2014年11月,口頭発表（招待・特別）
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Development of Nuclei Identification System from Fluorescent 4D Embryonic Images
Ozeki, M., Hori, M., Hiroi, N., Bashar, M. K., Yamagata, K., Kobayashi, T. J., and FUNAHASHI Akira
[国際会議] International Workshop on Quantitative Biology 2014 （Melbourne, Australia） ,
2014年09月,口頭発表（招待・特別）
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CellDesigner: A process diagram editor for gene-regulatory and biochemical networks
FUNAHASHI Akira
[国際会議] Advanced Lecture Course on Systems Biology, （Innsbruck, Austria） ,
2014年03月,口頭発表（招待・特別）
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Introduction of Mathematical Modeling.
FUNAHASHI Akira and Hiroi, N.
[国内会議] Computational and Mathematical Biology Course, Okinawa Institute of Science and Technology （沖縄県） ,
2013年08月,口頭発表（招待・特別）
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CellDesigner: A process diagram editor for gene-regulatory and biochemical networks
FUNAHASHI Akira and Hiroi, N.
[国際会議] Computational and Mathematical Biology Course, Okinawa Institute of Science and Technology （Okinawa, Japan） ,
2013年08月,口頭発表（招待・特別）
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CellDesigner 4.3: A Modeling Tool for Biochemical Networks.
FUNAHASHI Akira
[国際会議] The 2nd HD Physiology International Symposium: Integrative Multi-level Systems Biology for In Silico Cardiology and Pharmacokinetics, Marunouchi My Plaza Hall （Tokyo, Japan） ,
2013年06月,口頭発表（招待・特別）
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CellDesigner: A process diagram editor for gene-regulatory and biochemical networks.
FUNAHASHI Akira and Hiroi, N.
[国際会議] CellDesigner Workshop, Monash University （Melbourne, Australia） ,
2013年05月,口頭発表（招待・特別）
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SBGN support in CellDesigner.
FUNAHASHI Akira
[国際会議] 9th SBGN workshop （Edinburg, UK） ,
2013年04月,口頭発表（招待・特別）
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CellDesigner: A Modeling Tool for Biochemical Networks.
舟橋 啓
[国内会議] CiRA Open Seminar Series、京都大学iPS細胞研究所 （京都府） ,
2012年12月,口頭発表（招待・特別）
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定量生物に効く数値計算
舟橋 啓
[国内会議] 定量生物学の会第5回年会・チュートリアル （東京都） ,
2012年11月,口頭発表（招待・特別）
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バイオイメージの高速画像処理
舟橋 啓
[国内会議] 画像科学夏の勉強会、核融合研究所 （岐阜県） ,
2012年09月,口頭発表（招待・特別）
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CellDesigner plugin
FUNAHASHI Akira
[国際会議] Garuda 7 workshop （Okinawa, Japan） ,
2012年02月,口頭発表（招待・特別）
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CellDesigner 4.2: A Modeling Tool for Biochemical Networks.
FUNAHASHI Akira
[国際会議] The 1st HD Physiology International Symposium: Integrative Multi-level Systems Biology for In Silico Cardiology and Pharmacokinetics, The University of Tokyo （Tokyo, Japan） ,
2012年01月,口頭発表（招待・特別）
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定量生物に効く数値計算
舟橋 啓
[国内会議] 定量生物学の会第4回年会・チュートリアル （愛知県） ,
2012年01月,口頭発表（招待・特別）
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CellDesigner 4.2: A Modeling Tool for Biochemical Networks.
FUNAHASHI Akira
[国際会議] The 4th Global COE International Symposium on Physiome and Systems Biology for Integrated Life Sciences and Predictive Medicine （Osaka, Japan） ,
2011年11月,口頭発表（招待・特別）
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An interactive equation-based biological model builder
FUNAHASHI Akira
[国際会議] Garuda 6 workshop （Okinawa, Japan） ,
2011年09月,口頭発表（招待・特別）
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Implementation of GPU accelerated ODE solver
FUNAHASHI Akira
[国際会議] Center for Bioinformatics, University of Tuebingen （Tuebingen, Germany） ,
2011年09月,口頭発表（招待・特別）
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CellDesigner4.1: A process diagram editor for gene-regulatory and biochemical networks.
FUNAHASHI Akira
[国際会議] 4th FEBS and 1st Systems X Advanced Lecture Course on Systems Biology （Innsbruck, Austria） ,
2011年02月,口頭発表（招待・特別）
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CellDesigner plugin
FUNAHASHI Akira
[国際会議] Garuda 4 workshop （Okinawa, Japan） ,
2011年02月,口頭発表（招待・特別）
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CellDesigner
FUNAHASHI Akira
[国際会議] Garuda 4 workshop （Okinawa, Japan） ,
2011年02月,口頭発表（招待・特別）
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GPGPUを用いたバイオイメージの高速画像処理
舟橋 啓
[国内会議] バイオイメージ・インフォマティクスワークショップ、理研 （神奈川県） ,
2011年01月,口頭発表（招待・特別）
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CellDesigner
FUNAHASHI Akira
[国際会議] Garuda One workshop （Okinawa, Japan） ,
2010年02月,口頭発表（招待・特別）
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CellDesigner plugin
FUNAHASHI Akira
[国際会議] Garuda One workshop （Okinawa, Japan） ,
2010年02月,口頭発表（招待・特別）
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CellDesigner plugin
舟橋 啓
[国際会議] Winter School on Computational Modeling in Biology （Okinawa Institute of Science and Technology） ,
2010年02月,口頭発表（招待・特別）
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CellDesigner
舟橋 啓
[国際会議] Winter School on Computational Modeling in Biology （Okinawa Institute of Science and Technology） ,
2010年02月,口頭発表（招待・特別）
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CellDesigner
FUNAHASHI Akira
[国際会議] Winter School on Computational Modeling in Biology （Okinawa, Japan） ,
2009年12月,口頭発表（招待・特別）
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生化学ネットワーク解析環境 CellDesignerの設計と実装
舟橋 啓
[国内会議] 第 24 回生体・生理工学シンポジウム、東北大学 （宮城県） ,
2009年09月,口頭発表（招待・特別）
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生化学ネットワークエディタ CellDesignerの使い方
舟橋 啓
[国内会議] 日本バイオインフォマティクス学会・夏の学校、静岡 （静岡県） ,
2009年09月,口頭発表（招待・特別）
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生化学ネットワーク解析環境CellDesignerの設計と実装
舟橋 啓
[国内会議] 第24回生体・生理工学シンポジウム （東北大学） ,
2009年09月,口頭発表（招待・特別）, 日本計測自動学会
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Integration of CellDesigner and SABIO-RK
FUNAHASHI Akira
[国際会議] SABIO-RK User Meeting （Heidelberg, Germany） ,
2009年06月,口頭発表（招待・特別）
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Integration of CellDesigner and SABIO-RK
舟橋 啓
[国際会議] SABIO-RK User Meeting （Heidelberg, Germany） ,
2009年06月,口頭発表（招待・特別）
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システムバイオロジーの最前線: 定量生物学から計算生物学まで
小林 徹也, and 舟橋 啓
[国内会議] 農学生命情報科学特論II、東京大学大学院農学生命科学研究科 （東京都） ,
2008年10月,口頭発表（招待・特別）
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CellDesigner 4.0beta
FUNAHASHI Akira
[国際会議] Super-hackathon: Standards and Ontologies for Systems Biology 2008 （Okinawa, Japan） ,
2008年01月,口頭発表（招待・特別）
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CellDesigner 4.0beta
舟橋 啓
[国際会議] Super-hackathon: Standards and Ontologies for Systems Biology （Okinawa Institute of Science and Technology） ,
2008年01月,口頭発表（招待・特別）
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An integration of CellDesigner and SABIO-RK
FUNAHASHI Akira, Matsuoka, Y., Jouraku, A., Kikuchi, N., and Kitano, H.
[国際会議] Storage and Annotation of Reaction Kinetics Data （Heidelberg, Germany） ,
2007年05月,口頭発表（招待・特別）
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An integration of CellDesigner and SABIO-RK
舟橋 啓
[国際会議] Storage and Annotation of Reaction Kinetics Data （Heidelberg, Germany） ,
2007年05月,口頭発表（招待・特別）
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CellDesigner 4, towards CellDesigner 5
FUNAHASHI Akira
[国際会議] Second BioModels.net training camp （Manchester, UK） ,
2007年01月,口頭発表（招待・特別）
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CellDeisgner 4, towards CellDesigner 5
舟橋 啓
[国際会議] Second BioModels.net training camp （Manchester, UK） ,
2007年01月,口頭発表（招待・特別）
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簡単プログラミングでコンピュータを従える
舟橋 啓
[国内会議] UNIX講座、東北公益文科大学 （山形県） ,
2005年02月,口頭発表（招待・特別）
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テキスト主義宣言
舟橋 啓
[国内会議] UNIX講座、東北公益文科大学 （山形県） ,
2004年02月,口頭発表（招待・特別）
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ソフトウェアの統合と標準化の基盤, SBMLとSBW
舟橋 啓
[国内会議] 第1回バイオインフォマティクスセミナー、富士総合研究所 （東京都） ,
2003年12月,口頭発表（招待・特別）
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コンピュータの公益性
舟橋 啓
[国内会議] 現代社会進化論、東北公益文科大学 （山形県） ,
2003年02月,口頭発表（招待・特別）