論文 - 舟橋　啓

An I/O mechanism on a dynamically reconfigurable processor-which should be moved: data or configuration?

H Amano, S Abe, K Deguchi, Y Hasegawa

International Conference on Field Programmable Logic and Applications, 2005 … 2005   347 - 352 2005年

研究論文（学術雑誌）, 共著, 査読有り

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In some applications on Dynamically Reconfigurable Processor (DRP), the input/output of data stream occupies about 20% of total execution time. In order to hide the overhead of input/output, the separation of the I/O context and double-buffering mechanism are proposed. Using the mechanism, I/O overhead of six streaming processing programs can be completely hidden. Based on the analysis of I/O performance, two alternatives for executing parallel processing with multiple DRP Cores are compared and discussed. © 2005 IEEE.

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Evolving a lingua franca and associated software infrastructure for computational systems biology: the Systems Biology Markup Language (SBML) project

M Hucka, A Finney, BJ Bornstein, SM Keating, BE Shapiro, J Matthews, ...

Systems biology 1 (1), 41-53 1 （ 1 ） 41-53 - 53 2004年09月

研究論文（学術雑誌）, 共著, 査読有り

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Molecular Interaction Map of Macrophage.

Oda, K, Kimura, T, Matsuoka, Y, Funahashi, A, Muramatsu, M, Kitano, H

AfCS Report 2 （ 14 ） 1-12 2004年08月

研究論文（学術雑誌）, 共著

Molecular interaction map of a macrophage

K Oda, T Kimura, Y Matsuoka, A Funahashi, M Muramatsu, H Kitano

AfCS Research Reports 2 (14), 1-12 2004年

研究論文（学術雑誌）, 共著, 査読有り

CellDesigner: a process diagram editor for gene-regulatory and biochemical networks

A Funahashi, M Morohashi, H Kitano, N Tanimura

Biosilico 1 (5), 159-162 1 （ 5 ） 159-162 2003年11月

研究論文（学術雑誌）, 共著

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[The ERATO Systems Biology Workbench and Systems Biology Markup Language: an integrated environment and standardization for systems biology].

Funahashi A

Tanpakushitsu kakusan koso. Protein, nucleic acid, enzyme 48 （ 7 ） 810 - 6 2003年06月

研究論文（学術雑誌）, 共著, 査読有り,  ISSN  0039-9450

The ERATO Systems Biology Workbench and Systems Biology Markup Language

Funahashi Akira

Tanpakushitsu kakusan koso. Protein, nucleic acid, enzyme 48 （ 7 ） 810 - 816 2003年

ISSN  0039-9450

Z-routing: イレギュラーネットワークにおける適応型ルーティングに関する研究.

井川 郁哉 and 舟橋 啓

情報処理学会論文誌 43 （ 3 ） 754-763 2002年03月

研究論文（学術雑誌）, 共著, 査読有り

チャネルの使用条件に基づいたアウトプットセレクションファンクションに関する研究.

杉山 伸悟 and 舟橋 啓

情報処理学会論文誌 43 （ 3 ） 764-775 2002年03月

研究論文（学術雑誌）, 共著, 査読有り

Routing algorithms based on 2D turn model for irregular networks

Jouraku, A; Koibuchi, M; Amano, H; Funahashi, A

I-SPAN'02: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON PARALLEL ARCHITECTURES, ALGORITHMS AND NETWORKS, PROCEEDINGS    289 - 294 2002年

共著, 査読有り

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The Impact of Output Selection Function on Adaptive Routing.

Funahashi, A., Koibuchi, M., Jouraku, A., and Amano, H.

ISCA Information: An International Journal 4 （ 4 ） 541-550 2001年11月

研究論文（学術雑誌）, 共著, 査読有り

L-turn routing: Irregular Network における Adaptive Routing.

鯉渕 道紘, 舟橋 啓, 上樂 明也, and 天野 英晴

情報処理学会論文誌ハイパフォーマンスコンピューティングシステム （一般社団法人情報処理学会）  42 （ SIG9 ） 119-134 - 134 2001年08月

研究論文（学術雑誌）, 共著, 査読有り,  ISSN  0-7695-1257-7

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近年, Personal computerを高速なネットワークで結び, 並列処理を行う研究がさかんに行われている.通常ネットワークはwiring flexibility, scalabilityの要求からトポロジに制限のないirregular networkが用いられるが, 既存のirregular networkのルーティングアルゴリズムは, チャネル使用制限が厳しく, リンクを有効に使うことができない.そこで本稿では各リンクを効果的に使うことを念頭においたadaptive routingであるLeft-up-first turn routing(L-turn routing)を提案する.L-turn routingはirregular networkをdirected-graphに見立てる際に工夫を施すことにより, デッドロックを防ぐために課すパケットの転送禁止ターンの分散を実現する点が特徴であり, 高いトラフィック分散能力を持つ.シミュレーション結果より, L-turn routingは様々なトポロジにおいて高い性能を示すことが分かった.

Recursive Diagonal Torus: An interconnection network for massively parallel computers

Yang YL, Funahashi A, Jouraku A, Nishi H, Amano H, Sueyoshi T

IEEE TRANSACTIONS ON PARALLEL AND DISTRIBUTED SYSTEMS 12 （ 7 ） 701-715 - 715 2001年07月

研究論文（学術雑誌）, 共著, 査読有り,  ISSN  1045-9219

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適応型ルーティングにおける output selection function に関する研究.

鯉渕 道紘, 舟橋 啓, 上樂 明也, and 天野 英晴

情報処理学会論文誌 42 （ 4 ） 704-713 2001年04月

研究論文（学術雑誌）, 共著, 査読有り

相互結合網 RDT における adaptive routing.

舟橋 啓, 上樂 明也, and 天野 英晴

電子情報通信学会論文誌 （一般社団法人電子情報通信学会）  J89-D-I （ 11 ） 1143-1153 - 1153 2000年11月

研究論文（学術雑誌）, 共著, 査読有り,  ISSN  09151915

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相互結合網RDTは再帰構造をもつTorusの重なりから構成されており, 超並列計算機のプロセッサ間接続を行うために優れた性質を多くもっている.超並列計算機に用いられる相互結合網において, 混雑若しくは故障したノードを回避できるルーチングアルゴリズムは必要不可欠である.既存のベクトルルーチングはシンプルではあるが, 固定ルーチング(deterministic routing)であるためこのようなノードを迂回することはできない.本研究では, Duatoによる必要十分条件を用いることによりRDT(2, 4, 1)/α上でデッドロックフリーなadaptive routing algorithim D-RDTとFD-RDTを提案し, デッドロックフリーであることを証明し, 評価を行った.D-RDTは各ランク内のトーラスではfully adaptive routingを行うが, e-cube routingをベースにしているため使用するランク順が固定される.FD-RDTは自由にランクを使用することが可能なバーチャルチャネルを付加したことにより, D-RDTに比べルーチングの自由度は高い.シミュレーションによる評価の結果, 両アリゴリズムとも既存のdeterministic routingに比べ通過率, レイテンシともに性能向上が見られ, 特にFD-RDTを用いたルーチングでは顕著であった.

Torus assignment for an interconnection network recursive diagonal torus

Fan, Qin and Yang, Yulu and Funahashi, Akira and Amano, Hideharu

Proceedings of the International Symposium on Parallel Architectures, Algorithms and Networks, I-SPAN    74 - 79 1999年

共著, 査読有り,  ISSN  1087-4089

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<p>Recursive Diagonal Torus (RDT) is a class of interconnection network consisting of recursively overlaid two-dimensional square diagonal tori for massively parallel computers with up to 2¹⁶ nodes. Connection structures of the RDT vary according to the assignment of upper rank diagonal tori into a node. Although traditional simple assignment called RDT(2, 4, 1)/α shows enough performance under the uniform traffic, the congestion of low rank tori degrades the performance when local communication is dominant. In this paper, RDT(2, 4, 1)/β torus assignment is proposed, focusing on improving the performance for local communication. With a simplified simulation algorithm, results shows that RDT(2, 4, 1)/β improves the average distance compared with RDT(2, 4, 1)/α assignment when considering local area.</p>

A torus assignment for an interconnection network recursive diagonal torus

Q Fan, Y Yang, A Funahashi, H Amano

Proceedings Fourth International Symposium on Parallel Architectures … （IEEE COMPUTER SOC）     74 - 79 1999年

研究論文（学術雑誌）, 共著, 査読有り

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Recursive Diagonal Torus (RDT) is a class of interconnection network consisting of recursively overlaid two-dimensional square diagonal tori for massively parallel computers with up to 2(16) nodes. Connection structures of the RDT vary according to the assignment of tipper rank diagonal tori into a node: Although traditional simple assignment called RDT(2,4,1)/alpha shows enough performance under the uniform traffic, the congestion of low rank tori degrades the performance when local communication is dominant.
In this paper RDT(2,4,1)/beta torus assignment is proposed, focusing an improving the performance for local communication. With a simplified simulation algorithm, result shows that RDT(2,4,1)/beta improves the average distance compared with RDT(2,4,1)/alpha assignment when considering local area.

Adaptive routing on the recursive Diagonal torus

A Funahashi, T Hanawa, T Kudoh, H Amano

International Symposium on High Performance Computing, 171-182 1997年

研究論文（学術雑誌）, 共著, 査読有り

Fault Tolerance of the TBSF (Tandem Banyan Switching Fabrics) and PBSF (Piled Banyan Switching Fabrics)

FUNAHASHI Akira, HANAWA Toshihiro, AMANO Hideharu

IEICE transactions on information and systems （一般社団法人電子情報通信学会）  E79-D （ 8 ） 1180-1189 - 1189 1996年08月

研究論文（学術雑誌）, 共著, 査読有り,  ISSN  09168532

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Multistage Interconnection Networks (MIN) with multiple outlets are networks which can support higher bandwidth than those of nonblocking networks by passing multiple packets to the same destination. Fault recovery mechanisms are proposed for two of such networks (TBSF/PBSF) with the best use of their inherent fault tolerant capability. With these mechanisms, on-the-fly fault recovery is possible for multiple faults on switching elements. For the link fault, the networks are reconfigured after fault diagnosis, and the network is available with some performance degradation. The bandwidth degradation under multiple faults on link/element is analyzed with both theoretical models and simulation. Through the analysis, F-PBSF shows high fault tolerance under high traffic load and low reliability by using 3 or more banyan networks.

• CiNii Research