慶應義塾研究者情報データベース

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• 自分のこれまでの経験では、実験がうまくいってもそこから得られるものは何もありません。失敗して、原因をあれこれ考えることで自分が知らなかった知見を得たり、新しい発見をしたりします。したがって、多くのことに果敢にチェレンジしてたくさんの失敗を重ねて欲しいと思います。失敗が必ず皆さんの糧になります。

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• メタボロミクス、分析化学

経歴 【 表示 ／ 非表示 】

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• 1984年04月

  -

  1992年03月

  横河電機株式会社

• 1992年04月

  -

  2001年03月

  横河アナリティカルシステムズ株式会社

• 2001年04月

  -

  2002年03月

  琉球大学 , 客員教授

• 2001年04月

  -

  2005年03月

  慶應義塾大学環境情報学部/先端生命科学研究所, 助教授（有期）

• 2003年07月

  -

  2010年03月

  ヒューマン・メタボローム・テクノロジーズ株式会社, 取締役

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学歴 【 表示 ／ 非表示 】

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• 1980年04月

  -

  1984年03月

  慶應義塾大学, 工学部, 応用化学科

  大学, 卒業

学位 【 表示 ／ 非表示 】

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• 工学博士, 豊橋技術科学大学, 論文, 2000年03月

研究テーマ 【 表示 ／ 非表示 】

研究テーマ 【 表示 ／ 非表示 】

• 枯草菌、大腸菌、酵母等のバクテリアからイネやマウスの組織、ヒトの血液、尿、赤血球、ガン細胞等のあらゆる生物種の細胞内全代謝物質（メタボローム）の測定法, 

  　

著書 【 表示 ／ 非表示 】

著書 【 表示 ／ 非表示 】

• Advances in Microscale Electro-and Liquid Phase-Based Separation Techniques

  El Rassi, Z., Ed. (Soga, T., contribution for Chapter Chapter 9), Elsevier Inc., 2026年03月

  担当範囲: Chapter 9: “Capillary electrophoresis-mass spectrometry”,  担当ページ： pp.279-294

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  Capillary electrophoresis-mass spectrometry (CE-MS) has gained a great deal of attention as a powerful tool for the analysis of charged compounds. This approach offers high-resolution, high-sensitivity, and wide versatility. Over the past three decades, several CE-MS methods have been developed and have made significant advances in analytical chemistry. In this chapter, the general strategies and principles of CE-MS methods will be discussed, including CE separation modes, interface techniques, mass spectrometry, new techniques to increase the throughput capability of CE-MS analysis, metabolomics, and even single-cell analysis, which has received much attention in recent years. Finally, general conclusions and perspectives are provided.

  • Access to Document (DOI)

• Amino Acid Analysis : Methods and Protocols

  Alterman M.Ed., (Hirayama, A., Ikeda, S., Sato, A., Soga, T., contribution for Chapter 23）, Humana Press, 2019年07月

  担当範囲: Chapter 23: Amino Acid Analysis by Capillary Electrophoresis-Mass Spectrometry,  担当ページ： 307-313

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  Capillary electrophoresis-mass spectrometry (CE-MS) has been developed as a powerful tool in the analysis of charged compounds. To simultaneously analyze free amino acids, an electrolyte with low pH was used to positively charge all of the amino acids. In this condition, all protonated amino acids migrated toward the cathode in CE and then were sensitively and selectively detected by MS. This method is simple, rapid, and selective and could readily be applied to the analysis of free amino acids in various samples. In this chapter, the detailed procedure to analyze amino acids using CE-tandem mass spectrometry (MS/MS) is described.

• Oceanography Challenges to Future Earth : Human and Natural Impacts on our Seas

  Komatsu, T., Ceccaldi, H-J., Yoshida, J., Prouzet, P., Henocque, Y. Ed., (Nakano, T., Shirakawa, H., Yeo, G., Devlin, R.H., Soga, T., contribution for Part IV ), Springer, 2019年02月,  ページ数： 430

  担当範囲: Part IV Innovative Research: Metabolome profiling of growth hormone transgenic coho salmon by capillary electrophoresis time-of-flight mass spectrometry,  担当ページ： 223-234

• Capillary Electrophoresis-Mass Spectrometry for Metabolomics

  Ramautar R. Ed., (Hirayama A, Soga T. contribution for CHAPTER 7), The Royal Society of Chemistry, 2018年07月,  ページ数： 300

  担当範囲: CHAPTER 7: CE-MS for anionic and cationic metabolic profiling: system optimization and applications,  担当ページ： 134-160

• ONCO-METABOLOMICS; A NEW CLUE TO UNDERSTAND CARCINOGENESIS, CANCER BIOLOGY AND TO DEVELOP NOVEL DIAGNOSTICS AND THERAPEUTICS

  Esmi, H., Mak, T.W., Soga, T., Suematsu, M.,Mori, M. Ed, Princess Takamatsu Cancer Research Fund, 2016年04月

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論文 【 表示 ／ 非表示 】

論文 【 表示 ／ 非表示 】

• 2,3-Pyridinedicarboxylate Is Associated with Shorter Recurrence-Free Survival in Patients with Hypopharyngeal Squamous Cell Carcinoma

  Takase, H., Fujisawa, T., Hayashi, R., Makinoshima, H., Suzuki, Y., Soga, T., Fujii, S.

  Pathobiology 93 （ 2 ） 72 - 86 2026年06月

  研究論文（学術雑誌）, 共著, 査読有り,  ISSN  10152008

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  Introduction: Metabolites are associated with the biology of cancer; however, no metabolites related to prognosis have been identified in head and neck cancer. This study aimed to identify metabolites associated with prognosis in patients with hypopharyngeal squamous cell carcinoma (HPSCC).
  
  Methods: Fifty-two patients who underwent surgery for HPSCC were included and randomly divided into test and validation cohorts of 26 patients each for further metabolome analysis using capillary electrophoresis/mass spectrometry on tumor and non-tumor tissues of the hypopharynx. Twenty-two patients who received adjuvant therapy after surgery were included. The receiver operating characteristic (ROC) and univariate and multivariate analyses were used to explore the relationship between recurrence-free survival (RFS), clinicopathological factors, and differentiated metabolites.
  
  Results: ROC analysis revealed six metabolites significantly associated with RFS in both cohorts, and multivariate analysis indicated that 2,3-pyridinedicarboxylate was a significantly independent poorer prognostic factor in the cohorts including patients with HPSCC without any adjuvant therapies (p = 0.017).
  
  Conclusion: 2,3-Pyridinedicarboxylate, involved in NAD+ metabolism and genomic stability, suggests the possibility of developing molecular-targeted drugs for the production of metabolites related to prognosis. This study identifies novel prognostic metabolites and their associated metabolic pathways in HPSCC, highlighting potential therapeutic targets for treatment.
  
  Keywords: 2,3-Pyridinedicarboxylate; Hypopharyngeal squamous cell carcinoma; Metabolites; Recurrence-free survival.

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• Paired tumor–normal metabolomic profiling reveals alterations in choline phospholipid precursor metabolism in biliary tract cancer

  Suto, H., Kumamoto, K., Nagao, M., Furuichi, Y., Fuke, T., Matsukawa, H., Ando, Y., Oshima, M., Kobayashi, K., Kobara, H., Soga, T., Okano, K.

  J. Gastroenterol. online 2026年06月

  研究論文（学術雑誌）, 共著

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  Background: The metabolic landscape of biliary tract cancer (BTC) remains poorly characterized. This study aimed to identify tumor-specific metabolic alterations in BTC using paired tumor and adjacent normal tissues.
  
  Methods: Metabolomic profiling was performed on paired tumor and adjacent normal tissues from 71 patients with BTC using capillary electrophoresis time-of-flight mass spectrometry. Differential metabolites were identified using paired statistical analysis with false discovery rate correction. Pathway enrichment analysis was conducted using the Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes database.
  
  Results: Seventeen metabolites were significantly altered between tumor and normal tissues. Pathway analysis identified glycerophospholipid metabolism as the most enriched pathway, driven by water-soluble precursor and intermediate metabolites, including phosphorylcholine, CDP-choline, and ethanolamine phosphate. Hierarchical clustering demonstrated partially distinct metabolic patterns between tumor and normal tissues, with substantial inter-sample variability observed among tumor samples. Metabolites related to amino sugar and nucleotide sugar metabolism were also increased in tumor tissues. Additional pathways, including nicotinate and nicotinamide metabolism and arginine and proline metabolism, were also enriched. Principal component analysis showed partial separation between tumor and normal samples, indicating global metabolic differences between the two groups. These findings indicate metabolic alterations across multiple pathways in BTC.
  
  Conclusions: Paired tissue metabolomics revealed coordinated metabolic alterations in BTC involving choline phospholipid precursor metabolism, amino sugar and nucleotide sugar metabolism, and additional amino acid-related pathways. These results highlight the presence of broad metabolic reprogramming in BTC and underscore the importance of tissue-based metabolomic profiling for characterizing tumor metabolism.
  
  Keywords: Amino acid metabolism; Biliary tract cancer; Choline phospholipid precursor metabolism; Metabolomics; Pathway analysis.

  • Access to Document (DOI)

• An enrichment-based approach to interpreting metabolomic data using differential metabolomic profiles within the iDMET framework

  Matsuta, R., Yamamoto, H., Fukushima, A., Tabata, S., Makinoshima, H., Soga, T., Saito, R., Hyakawa, E.

  BMC Bioinformatics  27 （ 1 ） 131 - 131 2026年06月

  研究論文（学術雑誌）, 共著, 査読有り

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  BACKGROUND: Pathway enrichment analysis is a crucial method for the biological interpretation of metabolomic data by identifying associations between altered metabolites and biological pathways. However, such traditional approaches often rely on a limited set of predefined metabolic pathways, resulting in a low likelihood of discovering pathways associated with a given metabolic profile. To overcome this limitation, we extended our previously developed iDMET methodology to incorporate a broader range of metabolite sets, including those derived from differential metabolomic profiles. This enhanced approach, termed iDMET+, significantly expands dataset diversity and size, increasing the likelihood of discovering associated metabolite sets for a given metabolic profile, thereby enables more biological insights to be obtained from the metabolic profile. RESULTS: We validated iDMET+ through case studies on three diseases: clear cell renal cell carcinoma, colorectal cancer, and small cell lung cancer. First, using a clear cell renal cell carcinoma study as input, iDMET+ correctly identified another study of the same disease that involved metabolomic analysis. This pair of studies was identified as relevant in our previous iDMET results, showing the consistency between iDMET+ and iDMET. Second, using the metabolomic profile of colorectal cancer as input, iDMET+ identified not only another metabolomic study of the same cancer but, surprisingly, also metabolomic studies on prostate cancer and a high-fat diet. These studies focused on MYC-driven metabolic reprogramming, which was also a major focus of the input study. In both case studies, related studies were enriched because the differential metabolomic profiles of directly associated studies were part of the metabolite set. In contrast, the small cell lung cancer study highlighted limitations in dataset coverage—the absence of directly relevant differential metabolomic profiles resulted in fewer enriched metabolite sets. Nevertheless, the analysis of commonly altered metabolites still yielded some meaningful results. Metabolite alterations associated with inhibition of the purine salvage pathway were observed, suggesting potential involvement in tumor metabolic reprogramming. CONCLUSIONS: These results demonstrate that iDMET+ offers broader biologically relevant information than the conventional pathway-based approaches and has the potential to uncover biologically significant findings by searching across diverse datasets. This work also identifies areas of improvements for iDMET+.

  • Access to Document (DOI)

• Optimization of lens size and ion source parameters for gas chromatography/mass spectrometry-based metabolomics using hydrogen as a carrier gas

  Sato, M., Hayasaka, R., Soga, T., Hirayama, A.

  J. Chromatogr. A  1776   466945 - 466945 2026年06月

  研究論文（学術雑誌）, 共著, 査読有り

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  Gas chromatography/mass spectrometry (GC/MS) is widely employed in metabolomics owing to its high resolution, reproducibility, and compatibility with volatile and semi-volatile compounds. While helium has traditionally been used as the carrier gas, increasing costs and global shortages have prompted the exploration of hydrogen gas as an alternative. Hydrogen offers faster analysis times and reduced ion source contamination but presents challenges, including ion source reactions, which can change compound fragmentation patterns. To address this, a hydrogen-deactivated electron ionization (EI) source has been developed to minimize undesired chemical interactions and improve spectral integrity. In this study, we systematically evaluated the effect of extraction lens sizes (3, 6, and 9 mm) under hydrogen carrier gas conditions using n-alkane and human metabolomic standard solutions. The hydrogen-deactivated ion source equipped with a 3 mm extraction lens provided superior peak symmetry and the highest signal intensities, with acceptable relative standard deviation (RSD) values (i.e., below 30%). In addition, the reproducible fragmentation patterns as those observed with helium carrier gas were obtained for phosphorylated metabolites. Using this optimized configuration, we applied hydrogen gas-based GC/MS to metabolomic profiling of the human colon cancer cell line HCT116 with mutant isocitrate dehydrogenase 1 (IDH1). Key metabolic alterations, including increased levels of the known biomarker 2-hydroxyglutaric acid, were detected in IDH1-mutant cells compared with wild-type cells. These findings establish hydrogen gas-based GC/MS with a hydrogen-deactivated ion source as a robust and reliable platform for metabolomics, offering an effective alternative to helium-based systems.

  • Access to Document (DOI)

• Polypharmacologic phosphoinositide modulation by FTY720 triggers endomembrane trafficking collapse and metabolic starvation in cancer cells

  Kofuji, S., Sumita, K., Ikeda, Y., Takahashi, Y., Tabata, S., Ito, D., Hirota, Y., Sasaki, M., Kanoh, H., Nakatsu, F., Takeuchi, K., Senda, T., Davis, M.I. Shen, M., Wakimoto, H., Hirayama, A., Soga, T., Simeonov, A., Sasaki, A.T.

  Biochem. Biophys. Res. Commun. 815   153671 - 153671 2026年05月

  研究論文（学術雑誌）, 共著, 査読有り

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  Phosphoinositides coordinate membrane trafficking and bioenergetic homeostasis, and many tumors rely on elevated phosphoinositide flux to sustain growth. Therapeutic development has largely pursued single-phosphoinositide kinase inhibition, whereas polypharmacologic strategies that perturb the broader network remain underexplored. FTY720 (fingolimod), a clinically approved sphingosine-1-phosphate receptor modulator, shows anti-tumor activity at micromolar concentrations, but its non-canonical mechanisms remain incompletely defined. Building on our work with the structurally related compound KRP203, we show that high-dose FTY720 produces isozyme-divergent modulation across phosphoinositide kinases and biases PIKFYVE activity toward phosphatidylinositol, a pattern we term ASURA (Asymmetric Simultaneous Uncoupling of Related Activities). FTY720 induces vacuolization and endomembrane remodeling in cancer cells, and suppresses macropinocytic ruffling as demonstrated by tracer uptake and scanning ion conductance microscopy analyses. Quantitative metabolomics revealed depletion of intracellular amino acids and ribonucleoside triphosphates, coupled with reduced glycolysis. Concurrently, FTY720 induced extensive rewiring of the hexosamine pathway, nitrogen metabolism, and tricarboxylic acid (TCA)-cycle anaplerosis, along with redox signatures indicating oxidative stress despite a nutrient-replete medium. The metabolites depleted by FTY720 showed extensive, directionally concordant overlap with those depleted by PTEN induction. Patient-derived glioblastoma (GBM) neurospheres were sensitive to FTY720, and co-treatment with a PI3Kα-selective inhibitor augmented growth suppression in U87MG cells. Together, these data support a model in which ASURA-dose FTY720 disrupts phosphoinositide-regulated trafficking and nutrient access, imposing intracellular nutrient stress that culminates in tumor-cell death.

  • Access to Document (DOI)

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KOARA（リポジトリ）収録論文等 【 表示 ／ 非表示 】

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• メタボロミクスを用いたフレイル・認知機能低下に対する超早期リスク判別指標の開発

  曽我, 朋義

  科学研究費補助金研究成果報告書 2022年

• 癌幹細胞の命運を決定する代謝物質の同定とその機能解析

  曽我, 朋義

  科学研究費補助金研究成果報告書 2022年

• メタボローム (全代謝産物) 測定法の開発とがん検査への応用

  曽我, 朋義

  Keio SFC journal （慶應SFC学会）  22 （ 2 ） 320 - 330 2022年

  ISSN  13472828

• メタボロームワイドな代謝プロファイリングに基づく生活習慣病予防の地域コホート研究

  曽我, 朋義

  科学研究費補助金研究成果報告書 2018年

• メタボロームが解き明かす生命のシステム

  曽我, 朋義

  Keio SFC journal （慶應義塾大学湘南藤沢学会）  15 （ 1 ） 64 - 75 2015年

  ISSN  13472828

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総説・解説等 【 表示 ／ 非表示 】

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• メタボロームデータの取得

  曽我朋義

  実験医学別冊 実験デザインからわかる　マルチオミクス研究実践テキスト （羊土社）     86 - 94 2025年03月

  記事・総説・解説・論説等（その他）, 単著

• タボローム測手技術の開発と生命科学における意義

  曽我朋義

  生化学 （日本生化学会）  96 （ 2 ） 222 - 231 2024年04月

  記事・総説・解説・論説等（その他）, 単著

• マルチオミクスによる大腸がんの代謝解析 100年来のがん代謝の謎を解明

  曽我朋義

  化学と工業 （日本化学会）  77 （ 4 ） 268 - 270 2024年04月

  記事・総説・解説・論説等（その他）, 単著

• メタボローム解析からマルチオミクスへの展開―マルチオミクスによるがん代謝解析

  曽我朋義

  実験医学 （羊土社）  41 （ 15 ） 59(2399) - 67(2407) 2023年09月

  記事・総説・解説・論説等（その他）, 単著

• 腫瘍における分岐鎖アミノ酸トランスポーターの役割

  齊藤康弘、曽我朋義

  実験医学 （羊土社）  40 （ 14 ） 2239 - 2244 2022年08月

  記事・総説・解説・論説等（その他）, 共著

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研究発表 【 表示 ／ 非表示 】

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• Development of CE-MS Metabolomics and Its Application in Cancer

  Tomoyoshi Soga

  [国際会議]  AOMS2025, The 10th Asia-Oceania Mass Spectrometry Conference （ANA InterContinental, Ishigaki island, Okinawa） , 

  2025年06月

  , 

  口頭発表（招待・特別）, he Mass Spectrometry Society of Japan

• Development of CE-MS Metabolomics and its Application in Cancer

  Tomoyoshi Soga

  [国際会議]  Metabolomics2024, 20th Annual Confereence of the Metabolomics Society （Osaka） , 

  2024年06月

• Multi Omics analysis of colorectal cancer metabolism

  [国際会議]  2018 International Meeting on 22nd MDO and 33rd JSSX （Ishikawa Ongakudo, Kanazawa, Ishikawa） , 

  2018年10月

  , 

  口頭発表（招待・特別）, JSSX (The Japanese Society for the Study of Xenobiotics)、MDO(Microsomes and Drug Oxidations)

• Malti-omics reveals MYC as a master regulator of colorectal cancer metabolism

  曽我 朋義

  [国際会議]  The 1st International Symposium for Trans-Omics （Koshiba Hall, The University of Tokyo, Hongo Campus） , 

  2017年11月

  , 

  口頭発表（招待・特別）

• Onco-metabolites and cancer specific metabolic pathways

  SOGA TOMOYOSHI

  [国際会議]  American Association for Cancer Research Annual Meeting 2017, AACR2017, 

  2017年04月

  , 

  口頭発表（招待・特別）

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競争的研究費の研究課題 【 表示 ／ 非表示 】

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• SUCLA2欠失疾患の治療薬開発と応用

  2024年05月

  -

  2026年03月

  日本医療研究開発機構(AMED), 次世代がん医療加速化研究事業（P-PROMOTE）, 髙橋　智聡, 受託研究,  研究分担者

• 冬眠・休眠のトランスオミクス解析

  2023年06月

  -

  2026年03月

  文部科学省・日本学術振興会, 科学研究費助成事業 学術変革領域研究（A）, 黒田　真也, 補助金,  研究分担者

• 大腸がんにおけるオンコメタボライト・L-2HGの分子基盤の解明

  2022年06月

  -

  2025年03月

  文部科学省・日本学術振興会, 科学研究費助成事業　基盤研究(C), 田畑　祥, その他,  研究分担者

• 時空間トランスオミクスを用いた多細胞・臓器連関代謝制御の解明

  2021年10月

  -

  2026年03月

  国立研究開発法人科学技術振興機構 (JST),  戦略的創造研究推進事業 CREST, 黒田 真也, 受託研究,  研究分担者

• SUCLA2遺伝子欠失を標的とする進行前立腺がんの新規治療法開発

  2021年05月

  -

  2023年03月

  日本医療研究開発機構(AMED), 次世代がん医療創生研究事業 , 髙橋 智聡, 受託研究,  研究分担者

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Works 【 表示 ／ 非表示 】

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• 経済産業省主催「バイオ人材育成事業」メタボローム実習講師

  曽我 朋義

  2004年12月

  , 

  その他, 共同

• 日経BP社主催バイオファイナンスギルド　メタボローム講座

  曽我 朋義

  2004年08月

  , 

  その他, 共同

• キャピラリー電気泳動による無機陰イオン、有機酸、アミノ酸の分析

  曽我朋義

  2001年10月

  -

  継続中

  , 

  その他

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  キャピラリー電気泳動法の装置、測定法の原理および様々な測定例を解説した

知的財産権等 【 表示 ／ 非表示 】

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• カテコールアミン類の分析方法

  出願日： 特願平01-272206  1989年10月 

  公開日： 特開平03-134561  1991年06月 

  発行日： 特許第2833058号  1998年10月

  特許権, 単独

• 陰イオン性化合物の分析方法

  出願日： 特願平08-143048  1996年06月 

  公開日： 特開平09-325130  1997年12月 

  発行日： 特許第2912232号  1999年04月

  特許権, 単独

• キャピラリー電気泳動による陰イオン、アミノ酸、糖類の分析方法及び装置

  出願日： 特願平10-145244  1998年05月 

  公開日： 特開平11-337524  1999年12月 

  発行日： 特許第3038184号  2000年02月

  特許権, 単独

• 陰イオン性化合物の分離分析方法及び装置

  出願日： 特願2001-224341  2001年07月 

  公開日： 特開2003-035698  2003年02月 

  発行日： 特許第3341765号  2002年08月

  特許権, 単独

• 電気泳動測定によるイオン性化合物の移動時間予想方法

  出願日： 特願2004-245728  2004年08月 

  公開日： 特開2006-064472  2006年03月 

  発行日： 特許第3871689号  2006年10月

  特許権, 共同

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受賞 【 表示 ／ 非表示 】

受賞 【 表示 ／ 非表示 】

• 福澤賞

  曽我 朋義, 2022年11月, 慶應義塾, メタボローム（細胞内全代謝物質）解析技術の開発と実用化

  受賞区分： 塾内表彰等

• 第2回寺部茂賞

  2015年11月, 日本分析化学会 電気泳動分析研究懇談会, CE-MSメタボローム測定技術の開発と実用化

  受賞区分： 国内学会・会議・シンポジウム等の賞

• 義塾賞

  曽我 朋義, 2011年11月, 慶應義塾大学, CE-MSメタボローム測定技術の開発と実用化

  受賞区分： 塾内表彰等

• 第7回酸化ストレスと肝研究会　奨励賞

  曽我 朋義, 2010年11月, 酸化ストレスと肝研究会, メタボロミクスによる新規酸化ストレスマーカーの同定と肝臓疾患スクリーニング

  受賞区分： 国内学会・会議・シンポジウム等の賞

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  第7回酸化ストレスと肝研究会における研究発表による

• 平成21年度全国発明表彰　発明協会会長賞

  曽我 朋義, 2009年07月, 社団法人　発明協会, メタボローム測定装置の発明

  受賞区分： その他

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担当授業科目 【 表示 ／ 非表示 】

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• 研究会Ｂ

  2024年度

• メタボロミクス

  2024年度

• メタボローム解析実習

  2024年度

• 修士研究会

  2024年度

• 特別研究

  2024年度

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